Hallo Matthias,
ich würde als Erstes sicherstellen, dass aus mechanischer Sicht nichts beeinträchtigt werden kann. Wie hier schon erwähnt wurde, sind die Kabel ein wichtiger Punkt. Sie sollten ausreichend Spiel haben und beim Schwenk nirgends hängen bleiben oder Zug auf Stecker und Komponenten bringen.
Mit SharpCap habe ich selbst nur Erfahrung bei Planetenaufnahmen, nicht im Deep-Sky-Bereich. Unabhängig davon würde ich aber natürlich zuerst prüfen, ob der Meridian Flip überhaupt aktiviert und sinnvoll konfiguriert ist. Ich arbeite mit der ASIAIR und habe gerade am Anfang selbst schon vergessen, den Flip zu aktivieren. Dann läuft das Setup einfach weiter, bis irgendwann die mechanischen Grenzen erreicht werden. Einen Schaden muss das nicht zwangsläufig verursachen, verlassen würde ich mich darauf aber natürlich nicht.
Ich muss gestehen, dass selbst nach vielen Jahren ein anstehender Meridian Flip bei mir immer noch für einen kleinen Hauch Unruhe sorgt. Das liegt allerdings hauptsächlich an früheren Erfahrungen, bei denen der Flip aus unterschiedlichsten Gründen schiefgelaufen ist. Meist waren das Softwarethemen.
Ich hatte über die Jahre schon einiges dabei: Das Teleskop zeigt morgens Richtung Boden, Tracking ist nach dem Flip plötzlich deaktiviert, das Guiding spielt verrückt, weil nicht sauber neu kalibriert wurde, Plate Solving schlägt fehl oder der Flip wird trotz Aktivierung überhaupt nicht durchgeführt.
Dazu kommen noch kleinere Dinge wie ein Leitstern, der nach dem Flip außerhalb des OAG-Sichtfeldes liegt, Spiel in Gewindeverbindungen mit leichter Änderung der optischen Achse, Spiegelbewegung, eine veränderte Fokuslage oder ein abgebrochener Autofokus.
Das klingt jetzt vermutlich alles schlimmer, als es ist.

Ich würde davor auf keinen Fall Angst haben. Wenn das Setup einmal sauber eingerichtet ist und der Ablauf zuverlässig funktioniert, läuft ein Meridian Flip normalerweise völlig unspektakulär durch. Gerade am Anfang würde ich die ersten Flips aber vielleicht noch beobachten. Dann sieht man recht schnell, ob irgendwo noch eine kleine Baustelle vorhanden ist.
Vielleicht ein paar Beispiele aus meiner Vergangenheit:
Fokusmotor ist am Säulenadapter/Säule angestossen, da MF nicht aktiv war.
Softwareseitiger Fehler, das Teleskop war nach dem MF zum Boden ausgerichtet:
Hier war der MF auch wieder aktiviert, aber die Montierung hatte in diesem Beispiel einen Anschlag.
Vielleicht hilft das bei der Vorstellung, was auftreten kann.